Tuy vẫn còn 26 nhóm hàng hóa dịch vụ không chịu thuế, nhưng đã chuyển 7 hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế VAT sang nhóm chịu thuế VAT, bao gồm: phân bón; máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp; tàu đánh bắt xa bờ; lưu ký chứng khoán; dịch vụ tổ chức thị trường của sở giao dịch chứng khoán hoặc trung tâm giao dịch chứng khoán; dịch vụ bưu chính, viễn thông công ích và Internet phổ cập theo chương trình của Chính phủ; dịch vụ duy trì vườn thú, vườn hoa, công viên, cây xanh đường phố, chiếu sáng công cộng.

Về hoàn thuế VAT, dự Luật đã có bước thay đổi mang tính đột phá, giúp các doanh nghiệp có sản phẩm dịch vụ được ưu đãi thuế VAT đầu ra 5%, thấp hơn thuế VAT đầu vào (nhiều sản phẩm có thuế VAT đầu vào khoảng 7 – 8%) tháo gỡ khó khăn, được thực hiện ưu đãi trọn vẹn đối với các nhóm hàng hóa, dịch vụ khuyến khích. Cụ thể, dự Luật  bổ sung thêm đối tượng được hoàn thuế VAT đối với “cơ sở kinh doanh sản xuất hàng hóa, cung ứng dịch vụ chịu thuế suất thuế VAT 5% nếu có số thuế VAT đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên sau 12 tháng hoặc 04 quý”.

Liên quan đến quy định chế tài đối với hành vi vi phạm, hành vi bị cấm, hiện dự thảo chưa quy định về các hành vi bị cấm và chế tài đối với hành vi vi phạm Luật thuế VAT. Để tăng hiệu lực thực thi, các ý kiến đề nghị nên bổ sung các nội dung này, ngoài các nội dung quy định chung xử lý vi phạm trong Luật Quản lý thuế 2019; Nghị định 126/2020/NĐ-CP và các văn bản hướng dẫn thi hành chung cho các loại thuế, sắc thuế bởi Luật thuế VAT có những đặc thù riêng. Chẳng hạn: gian lận về hóa đơn, chứng từ; vi phạm về thời gian nộp thuế khấu trừ thuế, hoàn thuế; lừa đảo chiếm đoạt thuế; khai khống hóa đơn VAT…

Ngoài ra, các đại biểu cũng kiến nghị nhiều nội dung cụ thể nhằm hoàn thiện dự thảo luật như: Tiếp tục nghiên cứu giảm số lượng nhóm hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế (26 nhóm), là nhóm hàng hóa không chịu thuế nên không được khấu trừ thuế VAT đầu vào làm tăng chi phí sản xuất của doanh nghiệp và tăng giá bán ra,…

Xem xét, sửa đổi để làm rõ chính sách thuế VAT áp dụng đối với hoạt động mua bán hàng hóa qua Sở Giao dịch hàng hóa. Rà soát, chuẩn hóa, chọn lọc danh mục hàng hóa dịch vụ thuộc đối tượng áp thuế suất thuế VAT 5% theo các thứ tự ưu tiên tương tự như đối với nhóm miễn thuế VAT.

Xem xét, bổ sung quy định cho phép hoàn thuế cho các doanh nghiệp mới tham gia thị trường có chi phí cao hơn doanh thu và đang trong tình trạng lỗ để giảm áp lực về vốn, giúp doanh nghiệp có dòng tiền tái đầu tư sản xuất kinh doanh…